בעיקרון ניתן לחלק את הנהלת החשבונות לעמותות ל 2 שיטות עיקריות:
הנהלת חשבונות לעמותות בשיטה חד צידית אומרת שעל עמותה אשר מחזורה השנתי נמוך מ 750,000 ₪ ( מבחינת רשם העמותות, מבחינת רשות המיסים 500,000 ₪ ) רשאית לנהל את הנהלת החשבונות שלה בשיטה החד צידית. במסגרת זאת על העמותה לנהל ספר תקבולים ותשלומים, קובץ בו יירשמו נכסים שנתקבלו כתרומות או מתנות, תיק תיעוד חוץ – חשבוניות ספקים ומסמכים אחרים שהתקבלו מגורמים חיצוניים.
כל עמותה אשר מחזורה השנתי גבוה מ 750,000 ₪ (מבחינת רשם העמותות, מבחינת רשות המסים 500,000 ₪) חייבת לנהל את הנהלת החשבונות שלה בשיטה הכפולה (חברה לתועלת הציבור (חל”צ) שהיא סוג של עמותה בגלל היותה חברה חייבת בהנהלת חשבונות בשיטה הכפולה כבר מהשקל הראשון).